中國農業科學院(深圳)農業基因組研究所（簡稱“基因組所”）是中國農業科學院和深圳市共同舉辦的科研事業單位，創辦于2014年1月29日。基因組所是國內唯一一家專門從事農業基因組學研究的國家級研究所,也是深圳市的僅有的兩個國家級研究所之一。

基因組所的創建是順應國家重大戰略需求和科技體制機制創新改革的要求，是為完善中國農業科學院在長江以南的戰略布局和中國農業科學院科技創新工程的發展規劃而設立的。基因組所主要從事農業基因組學、農業動植物分子育種等領域的科學研究，推動生命科學前沿學科與農業、食品與健康、生態與環境等三大領域的交叉融合，孕育原始創新、顛覆性創新和引領性創新成果，加速生命前沿技術在農業和社會經濟發展中的應用。

基因組所入選科技部、中組部等七部委遴選的科技體制改革試點單位，是農業系統唯一一家入選單位，也是深圳市唯一入選單位。成立四年來，基因組所按照“邊籌建、邊科研、邊出成果”的工作模式，匯聚了包括國際高端人才11人，其中美國科學院院士2人、法國科學院院士1人；各類國家級人才22人次，其中國家杰青9人，優青2人、973首席4人、國家“萬人計劃”6人；省部級人才54人次，其中農業農村部農業科研杰出人才4人、廣東省“珠江人才計劃”領軍人才1人、深圳市孔雀團隊2個、深圳市高層次人才12人、深圳市海外高層次人才10人、50位博士后在內的300人的基因組學研究團隊；熊國勝研究員和樊偉研究員的成果雙雙入選科技部評選出的“2014年度中國科學十大進展”；黃三文研究員被中國科協授予“2016年度周光召基金基礎科學獎”和“2018年度何梁何利基金科學與技術進步獎(生命科學獎)”；打造了國際領先的“基因組測序和分析 — 功能基因挖掘 — 分子設計育種”的創新平臺；主持了154項國家、省市和橫向合作項目，總經費超過3億元；在Science、Nature、Cell、Nature Genetics等知名期刊上發表SCI論文100余篇，申請專利20余項，培育的2個作物品種通過國審6個品種通過省審；啟動了“農作物基因大數據的分析與利用”協同創新任務；組建了“國家農業基因組學科技創新聯盟”；與先正達種業、廣西常樂種業等國內外種業企業成立育種公司或聯合實驗室，有效實現成果轉化；舉辦了“第二屆國際農業基因組學大會”、“第三屆國際入侵生物學大會”以及“中歐食品、農業和生物技術合作會議”等國際會議，產生了廣泛的國際影響。

繼往開來，基因組所將深入貫徹落實十九大精神和習近平總書記在中國農科院建院60周年之際提出的“三個面向，兩個一流”重要指示精神，以入選7大部委組織的科技體制改革試點為契機，立足于“基礎所、平臺所、前沿所、人才所、深圳所”的定位，踐行“躍居世界農業科技高端，服務產業重大科技需求”使命，服務于粵港澳大灣區戰略部署和深圳市國際科技產業創新中心建設，通過中國農科院南方院士工作站建設、青年英才計劃、3M鵬博計劃、中國農科院深圳研究生院建設等措施引進和培養高層次人才；大力推進“一核三方八中心八平臺”科技創新進程，開展“液滴計劃”“優薯計劃”“簡稻計劃”“良豬計劃”“E盾計劃”5個重大研究計劃；建設“國家智慧田園”；建設國家種業產權交易國際中心和全國農業科技成果轉移服務中心國際中心；力爭用10年左右時間實現“建設世界一流院所、建成國家農科特區、發展深圳生物產業、支撐灣區美好生活”的發展目標。